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Ein wichtiger Punkt bei der Rekonstruktion dieses Werkes von Fischer von Erlach war die Wiederherstellung der von ihm meisterhaft geplanten Lichtführung - der bewusste Gegensatz von himmlischer Transzendenz und irdischer Schwere. Im Laufe der vergangenen Jahrhunderte war die dramatische Beleuchtung des Altares durch mehrere Faktoren verändert worden: den Einbau eines Fernspielwerkes hinter der Orgel und dadurch bedingt die Abdeckung des Oberfensters sowie der ovalen Öffnung im Bogen über der Mittelgruppe mit Holzbrettern und die dunkelfarbige Verglasung des großen Ostfensters.

Durch das Anheben der Weltkugel in Folge der Aufstellung eines versilberten Holztabernakels auf der Mensa und die Verlängerung des Kreuzes nach unten entstand der Eindruck eines auf der Erde stehenden Kreuzes. Damit zusammenhängend war es zu einer inhaltlichen Umdeutung des Bildtypus „Gnadenstuhl" (Hl. Dreifaltigkeit) zu einer Kreuzigungsdarstellung gekommen.

Dem Konzept von Fischer von Erlach entsprechend wurde nun der Globus wieder in seiner ursprünglichen, durch vorhandene Montagevorrichtungen rekonstruierbaren Position montiert, sowie die Verlängerung des Kreuzes entfernt, wodurch die Illusion eines frei schwebenden Kreuzes wieder hergestellt wurde.

Die ursprünglichen, überlebensgroßen Silberfiguren von Maria und Johannes wurden 1701 von den Augsburger Goldschmieden Christoph Rad und Bartholomäus Hößlin um einen Betrag von 18.766 Gulden geliefert. Diese ca. 87kg bzw. 112kg schweren Figuren aus getriebenem Silber mussten im Zuge der Franzosenkriege 1806 eingeschmolzen werden. Sie wurden ein Jahr darauf durch versilberte, klassizistische Holzfiguren ersetzt, die bis heute am Hochaltar stehen. Diese 2 Meter hohen Skulpturen aus Lindenholz wurden durch Carl Maria Stepan gereinigt, die Fassung gefestigt, die teilweise durchgeriebene bzw. oxidierte Silberauflage partiell nachversilbert und die unschöne Mattversilberung stellenweise patiniert, um den kalten aluminiumartigen Farbton der erhaltenen Restaurierfassung von um 1900 etwas zu mildern.

Auch die beiden Silberengel, die bereits 1698 von den Wiener Goldschmieden Johann Kanischbauer und Oktavian Kochgsell geliefert wurden, mussten zum Einschmelzen nach Graz gebracht werden. Als Ersatz waren 1807 versilberte, klassizistische Holzfiguren aufgestellt worden. Deren geringe künstlerische Qualität und die aluminiumartig wirkende Oberfläche standen aber in merkbarem Kontrast zur außerordentlichen Qualität des Altares. Während der Restaurierung wurden im Geistlichen Haus zwei den ursprünglichen Silberengeln ähnliche Adorationsengel gefunden, die aus stilistischen Gründen um 1730/40 zu datieren sind. Nach langen Diskussionen und Abwägen verschiedener Möglichkeiten wurde - um eine Annäherung an die ursprünglichen Intentionen Fischers zu erreichen - entschieden, diese ausdrucksstarken Engel zu versilbern und anstelle der wenig qualitätsvollen, steif wirkenden, klassizistischen Engel am Hochaltar aufzustellen.

Die von Johann Känischbauer 1719 gelieferten aus getriebenem Silberblech gefertigte Christusfigur wurde aus 72 kg Silber gefertigt und misst in der Höhe 2,30 m. Gottvater wurde 1721 geliefert, wiegt 88 kg Silber, und hat eine Höhe von 2,36 m. Die beiden Plastiken sind eine Votivgabe von Kaiser Karl VI im Wert von 15.000 - 20.000 Gulden.