Im Zuge der Restaurierung wurde die Orgel abgetragen und eine neue, große Chororgel entworfen. Die Verblankungen wurden entfernt, das Oberfenster wieder gelb verglast und die ovale Öffnung dem Befund entsprechend vergoldet. Wenn das Licht, vor allem in den Morgenstunden von Osten herein scheint, fällt nun wieder das warme, goldgelbe Licht von oben auf die versilberte Figurengruppe. Die Engelsglorie wird durch den warmen Farbton des Lichtes ausgeleuchtet und die Wirkung des Goldes noch verstärkt.

Von entscheidender Bedeutung für die Gesamtwirkung des Altares war die schwierige Entscheidung, das buntfarbige Ostfenster aus dem Jahr 1905 zu belassen oder es wie ursprünglich durch ein „Transparent" zu ersetzen. Die grelle Farbigkeit des Fensters stand im starken Gegensatz zu den von Fischer angestrebten atmosphärischen Lichtverhältnissen. Zudem war durch die Darstellung von Jerusalem die theologische Aussagekraft des Altares verändert worden. Im Sinne einer möglichst authentischen Wiederherstellung des Hochaltares entschloss man sich zur Entfernung des Fensters. Da aber die Grundlage für die Rekonstruktion des Transparentes fehlte, entschied man sich für eine neutrale und zeitgemäße Form.