Zwischen Oktober 2002 und März 2003 wurde die Restaurierung des Gnadenaltares und der Gnadenkapelle, einschließlich des näheren Umfeldes durchgeführt.

Die Arbeiten an der in ihrer gegenwärtigen Gestalt aus der Mitte des 17. Jh. stammenden Kapelle umfassten einen vollständigen Abbau der metallenen Altaraufbauten im Kapelleninneren, sowie des vorderen Abschlussgitters, um Reinigungs- und Konservierungsmaßnahmen durchführen zu können. Der von der Balustrade begrenzte Fliesenbelag im Vorbereich der Kapelle, wurde zur Einbringung einer Fußbodenheizung abgenommen und anschließend wieder neu verlegt.

Rückführungsmaßnahmen vollzog man an der östlichen Rückseite des Gnadenaltars, an dem sich seit 1920 der von Arthur Krupp gestiftete Kriegergedächtnisaltar befand. Dieser wurde abgebaut und nordöstlich der Basilika als Friedensdenkmal wieder aufgestellt.

Bedingt durch die genannten Maßnahmen konnten große, bisher nicht zugängliche Bereiche der Gnadenkapelle erstmals ungehindert eingesehen werden und eine umfassende Bauanalyse des Gesamtbestandes durchgeführt werden. Der Schwerpunkt der Befundung durch Markus Zechner und Bernhard Krause lag in den baugenetisch wesentlichen Bereichen, wie dem bestehenden Altar einschließlich seines näheren Umfeldes, an der Gnadenkapellenrückseite, sowie der vorgelagerten Bodenzone innerhalb der Balustrade. Eine parallele durchgeführte bauarchäologische Untersuchungen des Bundesdenkmalamtes lieferte dabei wichtige Informationen zum mittelalterlichen Baubestand im Bereich der Gnadenkapelle. Die fächerübergreifende Zusammenarbeit ermöglichte eine differenzierte Auflösung der einzelnen Entwicklungsschritte bezüglich der Entstehung des gegenwärtigen Kapellenkomplexes.

Der Fürstenfelder Steinrestaurator Saboor Ghadir Alizadeh führte die Konservierung der gotischen Baldachine, der Säulenbasen, der achteckigen Säulen und der aus mehreren Stücken zusammengefügten Reliefs mit den Portraitbüsten des Königs von Ungarn und seiner Gemahlin durch.

Bis 1899 war das äußere der Gnadenkapelle unverkleidet aus rohen Werksteinen. Erst kurz vor dem 750-Jahrjubiläum erfolgte die Verkleidung mit farbigem Stuckmarmor. Während der Restaurierung entdeckten wir dann, dass auch das Innere der Gnadenkapelle nicht einfach bemalt, sondern mit in Blautönen gehaltenem Stuckmarmor überzogen ist. Eine durch die vielen Kerzen im Inneren der Kapelle über die Jahrzehnte entstandene dicke Rußschicht überzog Decke und Wände, so dass diese völlig geschwärzt waren und auch die an den Himmel geschraubten vergoldeten Sterne vorerst nicht erkennbar waren. Die Stuckmarmorrestaurierung im Inneren der Kapelle aber auch an den Außenwänden führte das fachkundige Team der Fa. Leodolter aus. Die Außenverkleidung wurde sorgfältig gereinigt, alte unansehnliche Ausbesserungen ersetzt und die Flächen neu aufpoliert. In Bodennähe musste der Stuckmarmor erneuert werden, da durch aufsteigende Feuchtigkeit die Substanz bereits so stark geschädigt war, dass eine Konservierung nicht mehr sinnvoll erschien.

Sämtliche Metallbestandteile des Gnadenaltares wurden 2002 bis 2003 von den Metallrestauratorinnen Verena Krehon und Elisabeth Krebs in Wien durchgeführt. Der barocke Silberaltar, aber auch das silberne Antependium und die schönen Fenstergitter wurden abgebaut und zerlegt um die dicken Beläge von Putzmittelrückständen auch an den Rückseiten und in den Zwischenräumen entfernen zu können.

Ebenfalls einer tiefgreifenden Restaurierung bedurfte das im Jahre 1756 von Kaiser Franz I. und Kaiserin Maria Theresia anlässlich des 600-jährigen Bestehens der Wallfahrtskirche gestiftete wertvolle Silbergitter der Wiener Goldschmieden Josef Würth und Joseph Moser.

Im Zuge dieser Maßnahmen wurde auch das auf einer schmiedeisernen Stützkonstruktion montierte und teilweise mit Holz versteifte Silbergitter vollkommen abgebaut, in seine Einzelbestandteile zerlegt und in den Wiener Ateliers konserviert und restauriert.

Die beiden ampeltragenden Engel seitlich vor der Gnadenkapelle, die beiden Stiftsheiligen Benedikt und Lambert seitlich des Silbergitters, sowie die großen Figuren zur Bekrönung der Gnadenkapelle sind im Unterschied zum Altarretabel in versilbertem Holz ausgeführt. Sie wurden von Vergoldermeisterin Ursula Thomann fachgerecht konserviert und restauriert.

Die Gnadenstatue selbst wurde aus Respekt vor den Spuren der Geschichte keiner Restaurierung unterzogen. Sie wurde lediglich abgestaubt und einige instabile Bereiche der Fassung gefestigt um weitere Farbverluste zu vermeiden. Während der Restaurierung der Gnadenkapelle war sie am Hochaltar positioniert.