Der Hochaltar bildet den Abschluss des Kircheninneren nach Osten. Im Jahre 1692 beauftragte Abt Franz von Kaltenhausen den berühmten Baukünstler Johann Bernhard Fischer von Erlach mit dem Entwurf dieses imposanten Werkes. Geweiht wurde der Altar 1704.

Die im Laufe der Jahrhunderte mehrfach umgestaltete Gnadenkapelle steht noch heute an der ursprünglichen Stelle im Zentrum der Basilika. Der heutige trapezförmige Grundriss stammt von 1690, ältere Teile aus dem 14. Jahrhundert wurden in diesen Bau integriert. Das Steinrelief über dem Eingang aus der Zeit um 1369, soll die Porträtbüsten König Ludwigs I. von Ungarn und seiner Gemahlin Elisabeth als Stifter der gotischen Kapelle darstellen.

Die Muttergottes auf der Frauensäule wird ebenfalls als Gnadenbild verehrt. Die spätgotische Holzstatue von um 1520/30 thront auf einer 1682 errichteten fünf Meter hohen Marmorsäule. Der Strahlenkranz wurde 1709 hinzugefügt.

Die mächtige Kanzel aus rotem und schwarzem Marmor wurde 1689-1691 vom Türnitzer Bildhauer Andreas Grabmayr gefertigt. Am Kanzelkorb befinden sich die Statuen der vier Evangelisten, über dem Aufgangsportal die Figur des Hl. Paulus.

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Ein mächtiger barocke Orgelprospekt mit geschwungener Empore bildet den westlichen Abschluss des Mittelschiffes. Er wurde 1737 errichtet und zeichnet sich durch hohe künstlerische Qualität aus. Gebälk und Gesimse der Orgel sind überreich mit musizierenden Engeln und Putten eines himmlischen Orchesters besetzt. Bekrönt wird der Prospekt durch die Skulptur des Königs David.

Ein Blick in die Gewölbe der Kirchenschiffe macht die gekonnte Verschmelzung zwischen gotischem Langhaus und barockem Zubau deutlich, die durch die üppige Ausstattung mittels Stuck und Wandmalerei erzielt wurde. Die qualitätsvolle Stuckierung des barocken Erweiterungsbaues ist ein hervorragendes Beispiel für den so genannten Stuckbarock in Österreich. Vollplastische Elemente umrahmen verhältnismäßig kleine Wandmalereifelder. Dies ganz im Gegensatz zum späteren so genannten Freskobarock, bei welchem die Stuckrahmen eine untergeordnete Rolle spielen und immer größere Fresken durch raffinierte optische Täuschungen die Architektur aufzulösen scheinen.